Dưới thời chúa Sải Nguyễn Phúc Nguyên (1613-1635) khi nhà Nguyễn kéo vào lập đồn binh ở Sài Gòn (tức Sài Gòn – thành phố Hồ CHí Minh ngày nay), năm 1923 huyện Châu Thành ngày nay thuộc phủ Gia Định còn rất hoang vu, Khi Nguyễn Hữu Cảnh lập Gia Định phủ và đưa dân từ các phủ Ngũ Quảng (Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Quảng Tín) vào Nam khai hoang, người Việt đi khai hoang lập ấp ở đan xen với các tộc người địa phương thuộc ngữ hệ Khơ-me và Mã-lai. Từ năm 1699 trở đi huyện Châu Thành chính thức thuộc Vũng Gù ( thành phố Tân An ngày nay) nằm trong huyện Tân Bình, dinh Phiên Trấn, phủ Gia Định.
Năm 1705, Nguyễn Cửu Vân lập đồn điền ở Vũng Gù vào đào kênh thông từ Vàm Cỏ Tây sang Mỹ Tho (gọi là sông Bảo Định ngày nay). Năm 1802, Gia Long đổi phủ Gia Định thành trấn Gia Định, huyện Châu Thành ngày nay thuộc Vũng Gù, huyện Tân Bình, trấn Phiên An, phủ Bình Thuận; đến năm Minh Mạng thứ 13 (1832), huyện Châu Thành thuộc phủ Tân An, phủ lỵ đóng tại chợ Cai Tài, huyện lỵ Tân Thạnh đóng tại thôn Kỳ Sơn, làng Kỳ Xuyên (nay thuộc xã Bình Quới). Năm 1868, phủ lỵ dời về Vũng Gù ( thành phố Tân An ngày nay) và huyện Châu Thành trở thành huyện Tân Thạnh với 2 tổng: Tổng Thanh Mục Thượng và Tổng Thạnh Hội Hạ.
Theo Nghị định ngày 29/11/1923 (do ông Lacognaco-người Pháp ký) đã thành lập một số làng ở huyện Châu Thành gồm:
+ Làng Hòa Điều, làng Đa Phú (xã Hòa Phú ngày nay).
+ Làng Bình Công Tây, làng Vĩnh Bình (xã Vĩnh Công ngày nay).
+ Làng Bình Hạp, làng Gia Thạnh (xã Hiệp Thạnh ngày nay).
+ Làng Dương Xuân, xóm Gia Hội (thôn Hội Hưng), (xã Dương Xuân Hội ngày nay).
+ Làng Tân Lục, làng An Tập, làng Tân Long (xã An Lục Long ngày nay).
+ Làng Thuận Lễ, làng Chí Mỹ (xã Thuận Mỹ ngày nay).
+ Làng Vĩnh Thới, làng Xuân Đông (xã Thanh Vĩnh Đông ngày nay).
+ Làng Bình Phước, làng Tân Bình, xóm Đồng Hưng (xã Phước Tân Hưng ngày nay).
+ Làng Ngãi Phú, làng Bình Trị (xã Phú Ngãi Trị ngày nay).
+ Làng Kỳ Xuyên, làng Bình Quới (xã Bình Quới ngày nay).
+ Làng Long Trì (xã Long Trì ngày nay).
Đến năm 1946, huyện chính thức có tên gọi là huyện Châu Thành. Đến năm 1956, ngụy quyền Sài Gòn sáp nhập 2 tỉnh Tân An và Chợ Lớn thành tỉnh Long An, sau đó đổi tên huyện Châu Thành thành quận Bình Phước, nhưng thời ấy Mặt trận dân tộc giải phóng Miền Nam vẫn giữ nguyên tên gọi huyện Châu Thành, lúc đó huyện có 16 xã gồm: Thanh Vĩnh Đông, Thuận Mỹ, Thanh Phú Long, An Lục Long, Dương Xuân Hội, Long Trì, Hiệp Thạnh, Vĩnh Công, Hòa Phú, Bình Quới, Bình Tâm, An Vĩnh Ngãi, Lợi Bình Nhơn, Phước Tân Hưng, Phú Ngãi Trị, Khánh Hậu.
Sau ngày giải phóng hoàn toàn miền Nam 1975, tỉnh quyết định tách 2 xã Lợi Bình Nhơn và Khánh Hậu về huyện Thủ Thừa.
Để tạo điều kiện quản lý hành chính và quản lý kinh tế được thuận lợi nên đảng và Nhà nước ta quyết định hợp nhất 2 tỉnh Kiến Tường và Long An thành tình Long An.
Đến năm 1977, huyện Tân Trụ và huyện Châu Thành được hợp nhất thành huyện Tân Châu. Năm 1978 đổi tên huyện Tân Châu thành huyện Vàm Cỏ (có vị trí hành chính đóng tại huyện Tân Trụ ngày nay). Vào năm 1982 do mở rộng phát triển đô thị, cụ thể là mở rộng thị xã Tân An (nay là thành phố Tân An) nên tỉnh quyết định tách 2 xã của huyện Châu Thành về thành phố Tân An là An Vĩnh Ngãi và Bình Tâm. Đến năm 1989 huyện Vàm Cỏ được tách trở lại thành hai huyện: Tân Trụ và Châu Thành.
Do yêu cầu phát triển mở rộng kinh tế và văn hóa của huyện, nhất là việc phát triển đô thị hiện tại và tương lai, vào năm 1992, UBND tỉnh Long An quyết định thành lập thị trấn Tầm Vụ (trước đây thuộc một phần xã Dương Xuân Hội và một phần xã Hiệp Thạnh).